云南是内陆省份，四周不临海，但水量丰富，江河、湖泊、泉潭、冰川景观奇特。在云南的土地上分布着大大小小的河流600多条，它们分别属于长江（金沙江）、珠江（南盘江）、红河（元江）、澜沧江（湄公河）、怒江（萨尔温江）、伊洛瓦底江六大水系，分别注入太平洋和印度洋。除珠江、红河的源头在云南境内外，其余均为过境江流。怒江、澜沧江、红河、瑞丽江（伊洛瓦底江水系）是国际河流，尤其澜沧江流经老挝、缅甸、泰国、柬埔寨、越南等国家，因此被称为“东方的多瑙河”。一个省内有六大水系分属两大洋，四条河流为国际河流，这在世界上都是极为罕见的。

云南还有数以百计的高原淡水湖泊，面积1平方公里以上的就有37个，是中国湖泊最多的省份之一。其中的许多湖泊驰名中外，被誉为“高原明珠”，例如滇池、阳宗海、抚仙湖、星云湖、杞麓湖、异龙湖、洱海、程海、泸沽湖就打湖泊。这些湖泊多为断层陷落的构造湖，往往四面环山，湖光山色相映成趣。而且水质清澈，即利于鱼虾繁殖，又利于调节气候，可灌农田，可通舟楫，因而大多成为风景秀丽的游览胜地。

云南泉水分布广泛，仅温泉就有1200多个，约占全国温泉总数的1/3，居全国之冠。几乎县县有温泉，而且流量大，每年流出热水约3.6亿立方米，位居全国第二。这里有著名的“温泉城”——昆明、“热水城”——洱源、“地热之乡”——腾冲。