因为市场上面的扫描式电子显微镜并不是由一个厂家所生产的，所以也就会有很大的差异，那么市场上面的这种仪器会有哪些方面的差异呢？
　　稳定性差异
　　对于这种检测和分析仪器来说，首先就需要有很好的稳定性，只有让它在整个稳定性之下，才会有更好的数据准确性，如果是一个仪器在使用中没有稳定性，也就用户难对它进行相信，这样也就失去了仪器使用中的价值，当然，想要让这种仪器有很好的稳定性，也就要让它的生产中有多方面的提高，一者是在生产中有更好的内部零件的质量，而且也需要有整个仪器上的系统协调性。
　　功能性差异
　　其实，在对这种仪器的使用中，也是会有它的功能性不同的，有些仪器能用到所有的失效分析上，但是也有的仪器就不能全方面适应，这也就是它在过程中会有本身的功能性差异，除了上面所说的之外，再有就是在它的使用中也会有本身的分析上的系统性，有些仪器只能对样品片面地分析分析，不能达到更为全面的适应。
　　方便性差异
　　虽然这种仪器在生产中会有很多个方面的稳定，但是也会有设计上的不同，有些是在过程中连接电脑上相对麻烦，还有的会在过程中有很大的体积，更有的会在操作系统上不符合操作习惯等等，这样也都会对仪器的方便性造成很大的影响，因此，对于它的这一点使用来说，也就需要让用户有更好的注意，只有让它有很好的生产时的设计，或者是有更好的科技含量，才会让仪器有方便性优势。
　　因此，对于整个仪器来说，不同的厂家会有不同的产品定位，也会在生产中有不同的实力及条件，所以就会让这种仪器有很大的差异。