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云南省医学会成立于1937年，是全省医学科技工作者和医学管理工作者自愿组成并依法登记的学术型、公益性、非营利性社会组织，在中国共产党的领导下，发挥党和政府联系医学科技工作者的桥梁和纽带作用。是发展我省医学科学技术和卫生事业的重要社会力量。历经十四届理事会，云南省医学会不断发展壮大，截止目前，已经拥有近3万名会员、85个专科分会、285个团体会员单位，荟萃了全省医学界的著名学者和各医疗卫生单位的技术骨干、学科带头人，在国内具有一定的声誉和影响。

云南省医学会主要工作职责：开展医学学术交流；编辑出版医学期刊《云南医药》；开展继续医学教育、医疗事故技术鉴定、医疗损害鉴定、预防接种异常反应鉴定；推荐评审中华医学科技奖，评选和奖励优秀学术论文、科普作品；发现、推荐和培养优秀医学科技人才；承办政府及有关部门委托的其他工作任务；开展医学科学技术决策论证和医药卫生科学技术的咨询服务；承担科研课题，推动医学科研成果的转化和应用；向党和政府反映医学科技工作者的诉求。

云南省医学会的宗旨是团结全省广大医学科技工作者和医学管理工作者，遵守国家宪法、法律和法规，遵守社会道德风尚，崇尚医学道德，弘扬社会正气。坚持民主办会原则，充分发扬学术民主，提高医学科技工作者的业务水平，促进医学科学的繁荣、发展、普及和推广，促进医学科技人才和医学管理人才的成长和素质的提高，为全省各族人民的健康和社会主义经济建设服务。本会依法维护医学科技工作者和医学管理工作者的合法权益，为医学科技工作者和医学管理工作者服务。

云南省医学会实行秘书长负责制。下设综合办公室、学术会务部、医学鉴定中心、《云南医药》编辑部四个部室，负责完成理事会、常务理事会、中华医学会、云南省卫生健康委和省科协等交办的各项具体任务。

经过多年的努力，云南省医学会先后被人力资源和社会保障部、中华医学会、云南省科协分别评为“全国科协系统先进单位”、“先进地方医学会”、“5A级社会组织”、“一级学会”、“优秀学会”；连续获每年度的中国科协“全国学会之星”称号并获“云南省科普工作先进集体”荣誉。